针对撤店员工补偿的问题，主要包含依据《劳动合同法》的经济补偿，该补偿按照员工的工作年限计算，如果工作时间不满六个月，应支付半个月工资作为补偿。若公司拒绝支付，员工可以依法寻求劳动人事仲裁委员会的仲裁，保护自己的合法权益。
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撤店后，对于员工的赔偿处理，公司会选择与员工协商一致解除劳动关系并支付相应的经济补偿；或者安排员工到其他工作地点工作而不解除劳动关系；或者根据员工的个人意愿，允许其自行辞职并无补偿。处理方式的选择需综合考虑员工意愿、公司的安排以及法律的规定。
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关于撤店员工补偿的操作流程，首先会与员工进行沟通以了解他们的意愿。如果员工愿意跟随公司安排，会计算并支付相应的拆迁安置费用；如果员工选择不跟随，会根据《劳动合同法》的规定，基于员工的工作年限和工资水平计算经济补偿并支付。在整过程中，确保补偿计算准确并依法进行支付是非常重要的。