自动离职扣除所有工资违法。根据《劳动法》等相关法律规定，自动离职工资应照常发放，无故扣除违法。若因自动离职给公司造成损失，劳动者需赔偿，但公司不能随意扣除全部工资。否则，劳动者有权向劳动部门投诉或申请仲裁，维护自身合法权益。
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自动离职工资应发。具体操作：1. 与公司人力资源部门沟通，明确自动离职原因，要求按法律规定发放工资；2. 若公司拒绝，收集证据如工资条、劳动合同等，向当地劳动监察大队投诉；3. 若投诉未解决，可申请劳动仲裁，提交证据材料，等待仲裁裁决；4. 裁决后公司仍不履行，可申请法院强制执行。
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自动离职工资问题，法律上应照常发放。处理方式常见为：首先与公司协商，要求合理发放工资；若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。选择时需考虑效率与效果，投诉快速但可能不如仲裁权威，仲裁耗时但裁决有法律效力。