首先，应尝试与公安机关沟通调整时间，确实无法调整则需配合调查。其次，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律，拒绝配合调查可能会被强制传唤。若因工作时间冲突无法配合公安机关传唤，又不与公安机关沟通解决，公安机关有权采取很多强制措施，像是冻结银行账户、查封财产等，甚至可能被追究刑事责任。因此，最好还是按传唤要求协助调查。
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常见的处理方式为与公安机关沟通和申请延期。首先应与公安机关沟通，说明工作时间冲突，尝试调整协助调查的时间。若确实无法调整，则可向公安机关申请延期协助调查，并确定延期时间。
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分情况处理。若能协调时间：与公安机关沟通，调整协助调查时间；若不能协调：向公安机关说明情况，申请延期，并确定具体延期时间；若不申请延期也不配合：公安机关有权采取很多强制措施，甚至可能被追究刑事责任。