对罪名有异议时仍可适用认罪认罚制度。根据《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》，即使犯罪嫌疑人、被告人对罪名存在异议，只要存在认罪认罚的情节，法院仍可考虑从宽处理。尤其当犯罪性质并非特别严重的情况下，认罪认罚的效益更为明显。
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处理认罪认罚书的方式需根据具体情况而定。若犯罪嫌疑人、被告人认为自身有罪并期望获得从宽处理，可选择签署认罪认罚书；若坚信无罪，则可选择不签署。在做出决定时，应全面考虑案件事实、证据及法律后果，并在必要时咨询专业法律意见。
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签署认罪认罚书有助于获得从宽处理。在签署前，需确保对指控无异议，并同意法院提出的量刑建议和程序适用。对于特定人群如盲聋哑人、未成年人等，可能不需要签署认罪认罚书。签署后，法院将依法进行判决，反映认罪认罚的考量。